Penyelenggara pemerintahan pusat dalam sistem ketatanegaraan di Indonesia adalah presiden dibantu oleh wakil presiden, dan menteri negara. Berkaitan dengan pelaksanaan otonomi daerah, kebijakan yang diambil dalam menyelenggarakan pemerintahan digunakan asas desentralisasi, tugas pembantuan, dan dekonsentrasi sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
Pemerintah pusat dalam pelaksanaan otonomi daerah, memiliki 3 (tiga) fungsi.
a. Fungsi Layanan (Servicing Function)
Fungsi pelayanan dilakukan dalam rangka memenuhi kebutuhan masyarakat dengan cara tidak diskriminatif dan tidak memberatkan serta dengan kualitas yang sama. Dalam pelaksanaan fungsi ini pemerintah tidak pilih kasih, melainkan semua orang memiliki hak sama, yaitu hak untuk dilayaani,
dihormati, diakui, diberi kesempatan (kepercayaan), dan sebagainya.
b. Fungsi Pengaturan (Regulating Function)
Fungsi ini memberikan penekanan bahwa pengaturan tidak hanya kepada rakyat tetapi kepada pemerintah sendiri. Artinya, dalam membuat kebijakan lebih dinamis yang mengatur kehidupan masyarakat dan sekaligus meminimalkan intervensi negara dalam kehidupan masyarakat. Jadi, fungsi pemerintah adalah mengatur dan memberikan perlindungan kepada masyarakat dalam menjalankan hidupnya sebagai warga negara.
c. Fungsi Pemberdayaan
Fungsi ini dijalankan pemerintah dalam rangka pemberdayaan masyarakat. Masyarakat tahu, menyadari diri, dan mampu memilih alternatif yang baik untuk mengatasi atau menyelesaikan persoalan yang dihadapinya. Pemerintah dalam fungsi ini hanya sebagai fasilitator dan motivator untuk membantu masyarakat menemukan jalan keluar dalam menghadapi setiap persoalan hidup
Sementara itu ada enam fungsi pengaturan yang dimiliki pemerintah.
- Menyediakan infrastruktur ekonomi : Pemerintah menyediakan institusi dasar dan peraturan-peraturan yang diperlukan bagi berlangsungnya sistem ekonomi modern, seperti perlindungan terhadap hak milik, hak ciipta, hak paten, dan sebagainya.
- Menyediakan barang dan jasa kolektif : Fungsi ini dijalankan pemerintah karena masih terdapat beberapa public goods yang tersedia bagi umum, ternyata masih sulit dijangkau oleh beberapa individu untuk memperolehnya.
- Menjembatani konflik dalam masyarakat : Fungsi ini dijalankan untuk meminimalkan konflik sehingga menjamin ketertiban dan stabilitas di masyarakat.
- Menjaga kompetisi : Peran pemerintah diperlukan untuk menjamin agar kegiatan ekonomi dapat berlangsung dengan kompetisi yang sehat. Sebab tanpa pengawasan pemerintah akan berakibat kompetisi dalam perdagangan tidak terkontrol dan dapat merusak kompetisi tersebut.
- Menjamin akses minimal setiap individu kepada barang dan jasa : Kehadiran pemerintah diharapkan dapat memberikan bantuan kepada masyarakat miskin melalui program-program khusus.
- Menjaga stabilitas ekonomi Melalui fungsi ini pemerintah dapat mengeluarkan kebijakan moneter apabila terjadi sesuatu yang mengganggu stabilitas ekonomi.
Pemerintahan daerah menyelenggarakan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangannya, kecuali urusan pemerintahan yang oleh Undang-undang ditentukan menjadi urusan pemerintah pusat. Urusan pemerintahan yang menjadi urusan pemerintah pusat meliputi politik luar negeri, pertahanan, keamanan, yustisi, moneter dan fiskal nasional, agama, serta norma
Selain kewenangan tersebut di atas, pemerintah pusat memiliki kewenangan lain, yaitu sebagai berikut.
- Perencanaan nasional dan pengendalian pembangunan nasional secara makro.
- Dana perimbangan keuangan.
- Sistem administrasi negara dan lembaga perekonomian negara.
- Pembinaan dan pemberdayaan sumber daya manusia.
- Pendayagunaan sumber daya alam dan pemberdayaan sumber daya strategis.
- Konservasi dan standarisasi nasional.
Ada beberapa tujuan diberikannya kewenangan kepada pemerintah pusat dalam pelaksanaan otonomi daerah, meliputi tujuan umum, yaitu sebagai berikut.
- Meningkatkan kesejahteraan rakyat.
- Pemerataan dan keadilan.
- Menciptakan demokratisasi.
- Menghormati serta menghargai berbagai kearifan atau nilai-nilai lokal dan nasional.
- Memperhatikan potensi dan keanekaragaman bangsa, baik tingkat lokal maupun nasonal.
Adapun tujuan khusus yang ingin dicapai adalah sebagai berikut.
- Mempertahankan dan memelihara identitas dan integritas bangsa dan negara.
- Menjamin kualitas pelayanan umum setara bagi semua warga negara.
- Menjamin efisiensi pelayanan umum karena jenis pelayanan umum tersebut berskala nasional.
- Menjamin pengadaan teknologi keras dan lunak yang langka, canggih, mahal dan berisiko tinggi serta sumber daya manusia yang berkualitas tinggi yang sangat diperlukan oleh bangsa dan negara, seperti tenaga nuklir, teknologi satelit, penerbangan antariksa, dan sebagainya.
- Membuka ruang kebebasan bagi masyarakat, baik pada tingkat nasional maupun lokal.
- Menciptakan kreativitas dan inisiatif sesuai dengan kemampuan dan kondisi daerahnya.
- Memberi peluang kepada masyarakat untuk membangun dialog secara terbuka dan transparan dalam mengurus dan mengatur rumah tangga sendiri.