Pemerintah Daerah yang Bersifat Khusus

Adapun yang dimaksud dengan satuan-satuan pemerintahan daerah yang bersifat khusus adalah daerah yang diberi otonomi khusus, yaitu Daerah Khusus Ibukota Jakarta dan Provinsi Papua. Adapun daerah istimewa adalah Daerah Istimewa Aceh dan Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY).

a. Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta

Provinsi DKI Jakarta sebagai satuan pemerintahan yang bersifat khusus dalam kedudukannya sebagai ibu kota Negara Kesatuan Republik Indonesia dan sebagai daerah otonom memiliki fungsi dan peran yang penting dalam mendukung penyelenggaraan pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Menurut Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 29 Tahun 2007, beberapa hal yang menjadi pengkhususan bagi Provinsi DKI Jakarta adalah sebagai berikut.

1. Provinsi DKI Jakarta berkedudukan sebagai ibu kota Negara Kesatuan Republik Indonesia.
2. Provinsi DKI Jakarta adalah daerah khusus yang berfungsi sebagai ibu kota Negara Kesatuan Republik Indonesia dan sekaligus sebagai daerah otonom pada tingkat provinsi.
3. Provinsi DKI Jakarta berperan sebagai ibu kota Negara Kesatuan Republik Indonesia yang memiliki kekhususan tugas, hak, kewajiban, dan tanggung jawab tertentu dalam penyelenggaraan pemerintahan dan sebagai tempat kedudukan perwakilan negara asing, serta pusat / perwakilan lembaga internasional.
4. Wilayah Provinsi DKI Jakarta dibagi dalam kota administrasi dan kabupaten administrasi.
5. Anggota DPRD Provinsi DKI Jakarta berjumlah paling banyak 125% (seratus dua puluh lima persen) dari jumlah maksimal untuk kategori jumlah penduduk DKI Jakarta sebagaimana ditentukan dalam undangundang.
6. Gubernur dapat menghadiri sidang kabinet yang menyangkut kepentingan ibu kota Negara Kesatuan Republik Indonesia. Gubernur mempunyai hak protokoler, termasuk mendampingi Presiden dalam acara kenegaraan.
7. Dana dalam rangka pelaksanaan kekhususan Provinsi DKI Jakarta sebagai ibu kota negara ditetapkan bersama antara Pemerintah dan DPR dalam APBN berdasarkan usulan Pemerintah Provinsi DKI Jakarta.

b. Daerah Istimewa Yogyakarta

Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY), adalah daerah provinsi yang mempunyai keistimewaan dalam penyelenggaraan urusan pemerintahan dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia.  Menurut Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 13 tahun 2012, keistimewaan DIY meliputi (a) tata cara pengisian jabatan, kedudukan, tugas, dan wewenang gubernur dan wakil gubernur, (b) kelembagaan Pemerintah DIY, (c) kebudayaan, (d) pertanahan, dan (e) tata ruang.

Di antara keistimewaan DIY salah satunya adalah dalam bidang tata cara pengisian jabatan, kedudukan, tugas, dan wewenang gubernur dan wakil gubernur. Syarat khusus bagi calon gubernur DIY adalah Sultan Hamengku Buwono yang bertahta dan wakil gubernur adalah Adipati Paku Alam yang bertahta.

c. Provinsi Aceh

Aceh merupakan kesatuan masyarakat hukum yang bersifat istimewa dan diberi kewenangan khusus untuk mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintahan dan kepentingan masyarakat setempat sesuai dengan peraturan perundang-undangan dalam sistem dan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia. Aceh menerima status istimewa pada tahun 1959. 

Status istimewa diberikan kepada Aceh dengan Keputusan Perdana Menteri Republik Indonesia Nomor 1/Missi/1959 yang berisi keistimewaan meliputi agama, peradatan, dan pendidikan. Kemudian nama Aceh berubah lagi menjadi Nanggroe Aceh Darussalam (2001-2009). Nama ini diberikan ketika Aceh sedang didera konflik berkepanjangan antara pemerintah Republik Indonesia dengan Gerakan Aceh Merdeka pada masa pemerintah presiden Megawati Soekarno putri. 

Nama Aceh kemudian berubah lagi menjadi “Provinsi Aceh” sejak dikeluarkannya Peraturan Gubernur Aceh No. 46 Tahun 2009 Tentang Penyebutan Nama Aceh dan Gelar Pejabat Pemerintahan Dalam Tata Naskah Dinas di Lingkungan Pemerintah Aceh sampai sekarang.

Selain itu, kewenangan khusus pemerintahan kabupaten/kota meliputi penyelenggaraan kehidupan beragama dalam bentuk pelaksanaan syari’at Islam bagi pemeluknya di Aceh dengan tetap menjaga kerukunan hidup antarumat beragama, penyelenggaraan kehidupan adat yang  bersendikan agama Islam, penyelenggaraan pendidikan yang berkualitas serta menambah materi muatan lokal sesuai dengan syari’at Islam, dan peran ulama dalam penetapan kebijakan kabupaten/kota.